阜宁县实行镇管村体制，设阜城、吴滩、花园、金沙湖4个街道，（其中金沙湖街道与金沙湖管委会合署办公；花园街道与开发区合署办公，实行“区街合一”管理体制）。辖沟墩、陈良、三灶、新沟、陈集、郭墅（与阜宁高新区合署办公）、羊寨、芦蒲、板湖、东沟、益林、古河、罗桥等13个建制镇和公兴、硕集社区管委会，以及江苏省阜宁经济开发区、阜宁高新区、金沙湖管理委员会、阜宁现代服务业园区。全县共有341村（居）。